Il rencontre Stephen Gregory Bier au Kitchen Club. Après une longue discussion atypique (ils parlèrent des différentes manières de mettre fin à ses jours[2]), Warner, très intrigué par son nouvel ami et désireux de mettre ses poèmes en musique, lui propose de former un groupe. Malheureusement, Stephen n'est pas musicien. Il accepte tout de même et entame de longues économies pour s'offrir un clavier, instrument habituellement pop que Manson tenait absolument à intégrer au groupe.
La même année, en se rendant chez un disquaire, Brian rencontre Jeordie White alors vendeur. Ils sympathisent et Brian découvre que Jeordie est bassiste et joue au sein d'un groupe de death metal nommé Amboog-A-Lard. Ne pouvant malheureusement pas monter son projet musical avec lui, Brian lui demande s'il connait un bon bassiste, ce à quoi il aurait répondu qu'il n'en existait aucun dans tout le sud de la Floride.
Toujours en 1989, au cours d'une soirée, Brian Warner rencontre le guitariste Scott Putesky. Impressionné par son talent, il lui demande de rejoindre son projet et le groupe fini enfin par se former. Brian décide alors d'écrire sous le pseudonyme qu'il avait imaginé quelques années plus tôt : Marilyn Manson. Grâce à son nom de scène, il remet en question le perception admise du bien et du mal. Il montre qu'un tueur tel que Charles Manson peut jouir de la même fascination qu'une star comme Marilyn Monroe et les met sur un pied d'égalité en déclarant que Monroe possédait un côté sombre (elle prenait des drogues) tout comme Manson pouvait être bon. Scott Putesky se voit bientôt attribuer un nom de scène selon les mêmes codes par son acolyte. Il sera Daisy Berkowitz (du personnage Daisy de la série-télé Shérif, fais-moi peur ! et du tueur en série David Berkowitz). Le groupe prend le nom de Marilyn Manson & The Spooky Kids.
à l'heure où le rock se tourne vers Seattle où trois jeunes popularisent le grunge, Manson, dans l'ombre, tente de mettre sur pied un groupe et d'organiser un premier concert. Après avoir mis en musique une demi-douzaine de poèmes, il obtient finalement un engagement au Chruchill's Hideaway, un club de Miami. Dépourvu de bassiste et de claviériste (Stephen économise toujours), il engage à la hâte un ami de son club de théâtre, le bassiste Brian Tutunik, qui sera rebaptisé ...